Родился 7 октября 1930 г. в г. Грозном. Отец, инженер-нефтяник, погиб в 1937 г. в годы сталинских репрессий. Женат. Имеет двух дочерей, одну внучку и двух внуков.
В 1953 г. окончил Московский электротехнический институт связи (МЭИС). С 1953 г. по 1955 г. работал старшим инженером Кзыл-Ординской областной дирекции радиотрансляционной сети в Казахстане. С 1955 г. по 1964 г. работал в научно-исследовательском отделе МЭИС. С 1964 г. по 1993 г. работал начальником тематического отдела Московского научно-исследовательского института счетного машиностроения. Был главным конструктором одного их направлений вычислительной техники. В 1964 г. защитил диссертацию на степень кандидата технических наук. Автор свыше 250 публикаций, в том числе научных трудов, 3-х монографий и 120-ти изобретений, защищенных авторскими свидетельствами СССР и патентами. Имеет 3 медали ВДНХ.
В 1990 г. избран народным депутатом Российской Федерации по 48 избирательному округу г. Москвы при поддержке блока «Демократическая Россия». В Верховном Совете РФ в период с 1990 по 1993 гг. возглавлял подкомитет по беженцам Комитета Верховного Совета РФ по правам человека и рабочую группу, которая разработала принятые Верховным Советом законы: «О беженцах»; «О вынужденных переселенцах»; «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации». Участвовал в миротворческих миссиях Верховного Совета РФ в Молдову и Грузию (Южную Осетию и Абхазию) – 1991-1992 гг. По инициативе и непосредственном участии Арутюнова в 1992 г. была создана Федеральная миграционная служба Российской Федерации. Активно участвовал в защите Белого Дома России во время путча в августе 1991 г. Награжден медалью «Защитнику Свободной России».
С 1993 года по 1996 год работал заместителем председателя Комиссии по правам человека при Президенте РФ, руководя группой по связям с международными организациями. В 1994 г. по рекомендации Сергея Ковалева был избран Председателем Комиссии по правам человека Общественной палаты при Президенте РФ, которой руководил до ее ликвидации в 1996г. В 1994 г. руководил Правовой группой правительственной Комиссии по проблемам зарубежных соотечественников, вырабатывавшей юридические определения понятий «соотечественники» и «зарубежные соотечественники».
С 1996 года работал заместителем Председателя постоянно действующей Палаты по правам человека Политического консультативного совета при Президенте РФ. до ее ликвидации в 2000 году. В 1995г. по инициативе Арутюнова была создана общественная организация «Международная правозащитная ассамблея», членами которой являются физические и юридические лица в Азербайджане, Армении, Беларуси, Казахстане, Кыргызстане, Узбекистане, Украине, Эстонии и в Российской Федерации.
Ассамблея аккредитованную при Руководящей группе «Региональной Конференции по рассмотрению вопросов беженцев, недобровольно перемещенных лиц, других форм недобровольных перемещений и возвращающихся лиц в странах СНГ и соответствующих соседних государствах «Управления Верховного Комиссара ООН по беженцам» , а также в ее «Рабочей группе неправительственных организаций (НПО) по законодательству и защите беженцев». С неправительственной организацией Федеративной Республики Германия «Zusammenarbeit mit Osteurope» (Сотрудничество с Восточной Европой) Ассамблеей заключено соглашение о сотрудничестве. Являясь президентом Ассамблеи, Михаил Арутюнов также выступает в роли бессменного руководителя регулярно проводящегося Ассамблеей «Круглого стола по проблемам прав и свобод человека и гражданина».
