В 1994 году совместно с бывшим директором МЦГИ Анастасией Посадской накануне Конференции ООН по народонаселению и развитию (Каир) инициировала новую программу Центра — «Открытый диалог по репродуктивным правам». В рамках этой программы была проведена первая встреча экспертов по проблемам репродуктивных прав, а также первый в России межрегиональный семинар «Репродуктивные права в России — реальность и ожидания». В 2000 г. под руководством Е.А. Баллаевой МЦГИ совместно с Центром конституционных исследований и Center for Reproductive Law and Policy провел второй межрегиональный семинар по репродуктивным правам «Репродуктивные права в России: пределы законодательного регулирования».
В 1997-1998 гг. в рамках проекта МЦГИ «Гендерная экспертиза российского законодательства» Баллаева опубликовала монографию «Гендерная экспертиза законодательства РФ: репродуктивные права женщин в России». Как эксперт по проблемам репродуктивных прав в России выступала с докладами на международной конференции «Здоровье женщин» в Рио-де-Жанейро (1998), на Европейской конференции по проблемам народонаселения в Будапеште (1999), международных семинарах и встречах экспертов в разных странах мира. В составе группы международных экспертов Международной женской организации WEDO участвовала в работе Подготовительного комитета сессии Генеральной Ассамблеи ООН «Каир+5″.
С 1999 года, наряду с исследованиями в сфере репродуктивных прав, активно занимается проблемами гендерного анализа глобализации. При ее участии Московский центр гендерных исследований подготовил к изданию переводы ведущих специалистов по проблемам гендерного анализа глобализации, а также курс лекций. В настоящее время в рамках проекта МЦГИ «Аналитико-информационный ресурсный центр для сообщества экспертов по гендерному равенству» руководит программой «Гендерная политика».
